Durante siglos, las marismas y lagunas interiores han sido consideradas terrenos improductivos. Esta idea errónea ha generado la desaparición irreversible de espacios naturales tan valiosos como las lagunas de La Janda (Cádiz), La Nava (Palencia) y Antela (Orense), además de cientos de hectáreas de marismas a lo largo de las costas ibéricas. 
En otros casos, desecaciones parciales han creado pólderes, áreas de marisma transformada mediante la construcción de diques con el objetivo de ganar terreno para uso agrícola, principalmente para prados de siega, aunque en las zonas mejor drenadas se llega a producir maíz. Poseen unos canales y compuertas que permiten la salida del agua procedente de la lluvia y los arroyos, y a la vez impiden la entrada masiva del agua salobre del estuario. Al ser terrenos prácticamente planos, son propensos al encharcamiento cuando llueve.
Con el declive de la actividad rural en favor de la industrial, muchos de los pólderes fueron abandonados, transformándose, debido a la falta del mantenimiento que requieren, en prados encharcados de gran valor ecológico. Los pólderes peor drenados a veces son recuperados por la marisma en forma de carrizales. En cualquier caso, la rotura de los diques permite la entrada de la marea por lo que paulatinamente estos hábitats artificiales son erosionados y recolonizados por plantas y animales típicamente marismeños.
Un mayor conocimiento científico, así como la toma de una conciencia favorable a la conservación de los hábitats y la biodiversidad, ha generado un cambio de actitud en la opinión pública respecto a la conservación de estos ecosistemas acuáticos. Esto justificó la declaración en España de dos zonas húmedas relevantes como Parques Nacionales: Doñana (Huelva) en agosto de 1969 y Tablas de Daimiel (Ciudad Real) en junio de 1973.
Las bahías y rías cumplen un importante papel económico, ya que son las zonas donde una gran cantidad y variedad de peces pasan su período como alevines. Por ello, no deja de sorprendernos tanto tiempo y esfuerzo dedicados a la destrucción de las marismas de Santoña, Victoria y Joyel, más si tenemos en cuenta que cumplen un importante papel económico en la zona, ya que este estuario es el lugar donde viven los alevines de los abundantes mules (Mugil sp.). Y los de algunas especies de gran interés comercial como son la lubina (Dicentrarchus labrax), el salmonete (Mullus surmuletus), la dorada (Sparus aurata), el lenguado (Solea vulgaris) y la anguila (Anguilla anguilla), además del salmón atlántico (Salmo salar), que sube hasta sus zonas tradicionales de desove en el curso alto del río Asón. Por ello su relleno o degradación genera un impacto inmediato en el sector pesquero local.
Además del impacto inmediato en el sector pesquero local, muchos mariscadores viven del aprovechamiento de diversos moluscos bivalvos, algunos muy apreciados como la almeja fina o amayuela (Venerupis decasata) y otros que lo son menos como el berberecho (Cerastoderma edule), la chirla (Venus aurea) y las navajas, muergos o morgueras (Ensis siliqua y Solen marginatus). Algunos crustáceos decápodos son importantes desde el punto de vista económico, es el caso de la esquila o quisquilla de arena (Crangon crangon) y del centollo (Maja squinado). También lo son las gusanas, que son anélidos poliquetos de los géneros Nereis, Arenicola y Nephtys, empleadas como cebo de pesca. En las marismas de Santoña, Victoria y Joyel es especialmente importante el marisqueo de la almeja fina.
